mirna靶基因分析(常用microRNA靶基因预测工具)
mirna靶基因分析(常用microRNA靶基因预测工具)
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miRNA才是科研的新手之友。
MicroRNA研究是一直国内外研究的热点领域,每年都有大量的microRNA相关文章发表或相关基金申请,而microRNA功能研究最重要的是其靶基因的确认,荷叶今天给大家介绍一些常见的microRNA靶基因预测工具。
1
TargetScan
网址:新版
http://www.targetscan.org/vert_72/
老版
http://www.targetscan.org/mamm_31/
TargetScan用起来很简单方便,输入基因名能查出某个基因3’UTR可能的作用多个microRNA。最新版的TargetScan还人性化的列出目前发现的多种3’UTR。输入microRNA名则能查出某个microRNA可能作用的多种靶基因。
图1 TargetScan网站中查找目标基因的候选miRNA
图2 TargetScan网站中查找目标miRNA的候选靶基因
2
miRcode
网址:
http://www.mircode.org/index.php
miRcode与TargetScan相比,主要增加了ncRNA和非3’UTR区的检索。
图3 miRcode miRNA靶基因预测包括ncRNA
3
miRDB
网址:
http://www.mirdb.org/cgi-bin/search.cgi
miRDB比TargetScan功能更多,除了检索3’UTR区外,还能搜索编码区和5’UTR区,以及对给定序列进行匹配。
图4 miRDB预测靶基因或查找候选miRNA
图5 miRDB能对给定序列或非3’UTR进行筛选
4
RNA22
网址:
https://cm.jefferson.edu/data-tools-downloads/rna22-full-sets-of-predictions/
RNA22与miRDB类似,能预测miRNA的靶基因,预测mRNA、LincRNA、LncRNA的候选作用miRNA(RNA22 visualization tool )。此外,其在线预测特定基因序列和特定miRNA序列的作用位点的功能强大(RNA22 dynamic prediction tool)。
图6 RNA22预测miRNA靶基因
图7 RNA22预测miRNA和特定候选序列的结合位点
5
其他预测工具
microrna.org
网址:
http://www.microrna.org/microrna/home.do
PicTar
网址:
https://pictar.mdc-berlin.de/
PITA
网址:
https://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_dyn_data.html
6
基于实验数据的miRNA-靶基因库
starBase
网址:
http://starbase.sysu.edu.cn/
starBase收集了基于Ago-Seq数据的miRNA与mRNA、多种ncRNA的相互作用结果。很有意义的是以散点图和直方图绘制来了多种肿瘤中miRNA与靶基因的表达水平。
图8 starBase数据库
图9 starBase分析了miRNA和靶基因在肿瘤中的表达
miRTarBase
网址:
http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php
图10 miRTarBase收录已检测过的miR-Target数据
TarBase
网址:
http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=tarbasev8%2Findex/
图11 TarBase数据库
这些数据库收录各种手段检测过的miR-Target数据,研究者可以查看靶基因是否已经被研究过或者研究的程度等等。
MiRNA靶基因预测常需要多种预测工具,希望荷叶介绍的工具对你做米RNA研究有所帮助。
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